En 1331, grâce à sa position sur les quais et sa proximité avec le port, l’église est choisie par la corporation des bateliers, une des plus importantes corporations de Strasbourg à cette époque, pour être leur paroisse, ceci afin de permettre de montrer sa présence à la vue de tous. On observe encore des traces de ce passé au niveau du clocher surplombé d’une ancre.
L’église connaît une nouvelle période de prospérité avec la Réforme. Dès 1534 un prédicateur « évangélique » officie à Saint-Guillaume. La cohabitation avec le couvent n’est pas facile. Il est finalement fermé en 1553 pour devenir dans les années suivantes l’internat du Gymnase, ancêtre de l’université de Strasbourg.
En 1667, l’église prend son visage actuel lorsqu’il est décidé de construire le clocher au-dessus du porche d’entrée. Son tracé au sol étant en forme de trapèze, la construction des parties hautes a donné cette allure atypique à l’église Saint-Guillaume, avec une façade de guingois.
Le XIXème siècle a été riche en événements : nombreuses restaurations, notamment des vitraux, suite aux dommages intervenus lors de la guerre franco-prussienne (1870). Par ailleurs en 1885, Ernest Munch crée le chœur de Saint-Guillaume qui attire encore aujourd’hui une foule nombreuse pour le traditionnel concert du Vendredi saint avec l’xécution d’une Passion de Jean-Sébastien Bach.
Depuis 1985, l’église Saint-Guillaume est inscrite à l’inventaire des Monuments Historiques et différents objets comme le jubé, le buffet d’orgue d’André Silbermann, les vitraux, la chaire, le bas-relief en châtaigner, plusieurs tableaux et le tombeau des comtes qui se trouve dans la chapelle sont classés.
En 1987, un orgue neuf est construit dans l’ancien buffet d’orgue. Les autorités paroissiales optent pour une esthétique baroque saxonne inspirée des instruments de Gottfried Silbermann, idéale pour l’interprétation de la musique de Jean-Sébastien Bach, et confie sa réalisation au facteur d’orgues Yves Koenig. L’orgue est monté sur rails ; il peut ainsi être déplacé de 12 mètres pour faire place au chœur et à un orchestre.
2017 marque le début d’une nouvelle campagne de restauration devenue nécessaire notamment du fait des problèmes d’humidité causés par l’implantation marécageuse de l’édifice.
Maud Legris